История института экономики и финансов АПК началась в 1982 г., когда на агрономическом факультете открылось отделение по специальностям «Экономика и организация сельского хозяйства», «Бухгалтерский учет и анализ хозяйственной деятельности», принявшие первых 50 студентов.
Открылся факультет не на пустом месте. Еще в 1956 году, то есть в первые годы существования КСХИ, была создана кафедра организации сельскохозяйственного производства, где преподавались организация, экономика сельскохозяйственного производства, управление в агропромышленном производстве, статистика сельского хозяйства, бухгалтерский учет, финансирование и кредитование и т.д. С открытием факультета кафедра «разукрупнилась», на основе выделившихся дисциплин образованы новые кафедры, которых сейчас на экономическом факультете пять.