Енисейское бассейновое водное управление в соответствии с распоряжением Федерального агентства водных ресурсов (Росводресурсы) установило для Богучанской ГЭС режимы работы в ноябре. С 1 по 4 ноября средние сбросные расходы через гидроагрегаты составили 2900-3100 м3/с; с 5 ноября по 5 декабря расходы составят 3000-3200 м3/с. Уровень Богучанского водохранилища должен поддерживаться в диапазоне отметок 207,5-208 м над уровнем Балтийского моря. В ноябре 2018 года средние расходы Богучанской ГЭС составляли 2328 м3/с.
Решение по режимам было принято в соответствии с «Правилами использования водных ресурсов Богучанского водохранилища», утвержденных приказом Росводресурсов, и с учетом предложений Системного оператора Объединенного диспетчерского управления Сибири, регулирующего объемы спроса и предложения электроэнергии. Межведомственная рабочая группа по регулированию режимов работы Ангаро-Енисейского каскада и Северных ГЭС при обсуждении режима работы Богучанской ГЭС также приняла во внимание предложение АО «Администрация Енисейречтранс» повысить уровень в нижнем течении Ангары для завершения буксировки плотов к месту назначения и специализированного флота к местам зимовки.
Режим может быть скорректирован в зависимости от гидрологической обстановки, складывающейся на Ангарском каскаде ГЭС. По состоянию на 1 ноября уровень Богучанского водохранилища превысил 207,85 м (в 2018 году — 207,58 м), уровень Ангары в нижнем бьефе — 138,43 м (годом ранее — 138,03 м).
В соответствии с распоряжением Енисейского бассейнового водного управления ПАО «Богучанская ГЭС» 19-21 октября завершило навигацию 2019 года, сократив расходы с 3300 до 2700 м3/с. Уровень воды в Ангаре в нижнем бьефе ГЭС после перехода на новый режим работы понизился с отметки 138,65 м до 138,18 м, что соответствует средним показателям для осенне-зимнего периода. Благодаря улучшению гидрологической обстановки на озере Байкал и Ангаре навигация 2019 года продолжалась дольше, чем в 2014-2018 годах.